biokimia

biokimia Artikel utama: Biokimia , asam amino , dan ikatan peptida Struktur kimia ikatan peptida ( bawah ) dan struktur tiga dimensi dari ikatan peptida antara alanin dan asam amino yang berdekatan ( top / inset ) Struktur resonansi dari ikatan peptida yang menghubungkan asam amino individu untuk membentuk polimer protein Kebanyakan protein terdiri dari polimer linier dibangun dari serangkaian hingga 20 L - α - asam amino yang berbeda . Semua asam amino proteinogenic memiliki fitur struktural umum , termasuk α - karbon yang gugus amino , gugus karboksil , dan rantai samping variabel terikat . Hanya prolin berbeda dari struktur dasar ini karena mengandung cincin biasa untuk N -end gugus amina , yang memaksa CO - NH amida bagian menjadi konformasi tetap . [ 1] rantai samping asam amino standar , rinci dalam daftar asam amino standar , memiliki berbagai macam struktur kimia dan sifat , itu adalah efek gabungan dari semua rantai samping asam amino pada protein yang pada akhirnya menentukan struktur tiga dimensi dan reaktivitas kimia [ 2 ] The asam amino . dalam rantai polipeptida dihubungkan oleh ikatan peptida . Setelah terkait dalam rantai protein , asam amino disebut residu , dan seri terkait karbon , nitrogen , dan atom oksigen yang dikenal sebagai rantai utama atau tulang punggung protein . [ 3 ] The ikatan peptida memiliki dua bentuk resonansi yang berkontribusi beberapa karakter double- ikatan dan menghambat rotasi di sekitar porosnya , sehingga karbon alpha kira-kira coplanar . Dua sudut dihedral lainnya dalam ikatan peptida menentukan bentuk lokal ditanggung oleh tulang punggung protein . [ 4 ] Akhir dari protein dengan gugus karboksil bebas dikenal sebagai C - terminus atau karboksi terminal , sedangkan akhir dengan amino bebas kelompok ini dikenal sebagai N - terminus atau terminus amino . Kata-kata protein , polipeptida , dan peptida yang sedikit ambigu dan dapat tumpang tindih dalam arti . Protein umumnya digunakan untuk merujuk pada molekul biologis lengkap dalam konformasi yang stabil , sedangkan peptida umumnya dicadangkan untuk oligomer asam amino pendek sering kurang struktur tiga dimensi yang stabil . Namun, batas antara kedua tidak didefinisikan dengan baik dan biasanya terletak di dekat 20-30 residu . [ 5 ] polipeptida dapat merujuk pada setiap rantai linear tunggal asam amino , biasanya tanpa panjang , tetapi sering menyiratkan adanya konformasi didefinisikan .